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Innocuité des biotiques Nutrimuscle sur le génome

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Innocuité des biotiques Nutrimuscle sur le génome

Messagepar Nutrimuscle-Conseils » 21 Mar 2017 07:08

Integrate genome-based assessment of safety for probiotic strains: Bacillus coagulans GBI-30, 6086 as a case study.
Appl Microbiol Biotechnol. 2016 May;100(10):4595-605 Salvetti E

Probiotics are microorganisms that confer beneficial effects on the host; nevertheless, before being allowed for human consumption, their safety must be verified with accurate protocols. In the genomic era, such procedures should take into account the genomic-based approaches. This study aims at assessing the safety traits of Bacillus coagulans GBI-30, 6086 integrating the most updated genomics-based procedures and conventional phenotypic assays. Special attention was paid to putative virulence factors (VF), antibiotic resistance (AR) genes and genes encoding enzymes responsible for harmful metabolites (i.e. biogenic amines, BAs).

This probiotic strain was phenotypically resistant to streptomycin and kanamycin, although the genome analysis suggested that the AR-related genes were not easily transferrable to other bacteria, and no other genes with potential safety risks, such as those related to VF or BA production, were retrieved. Furthermore, no unstable elements that could potentially lead to genomic rearrangements were detected. Moreover, a workflow is proposed to allow the proper taxonomic identification of a microbial strain and the accurate evaluation of risk-related gene traits, combining whole genome sequencing analysis with updated bioinformatics tools and standard phenotypic assays. The workflow presented can be generalized as a guideline for the safety investigation of novel probiotic strains to help stakeholders (from scientists to manufacturers and consumers) to meet regulatory requirements and avoid misleading information.
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Re: Innocuité des biotiques Nutrimuscle sur le génome

Messagepar Nutrimuscle-Diététique » 21 Mar 2017 19:20

Traduction de l’étude :wink:

Intégrer l'évaluation génétique de la sécurité pour les souches probiotiques: Bacillus coagulans GBI-30, 6086 comme étude de cas.
Appl Microbiol Biotechnol. 2016 mai; 100 (10): 4595-605 Salvetti E

Les probiotiques sont des micro-organismes qui confèrent des effets bénéfiques sur l'hôte; Néanmoins, avant d'être autorisés pour la consommation humaine, leur sécurité doit être vérifiée avec des protocoles précis. À l'ère du génome, ces procédures devraient tenir compte des approches basées sur le génome. Cette étude vise à évaluer les caractéristiques de sécurité du Bacillus coagulans GBI-30, 6086 intégrant les procédures les plus modernes à base de génomique et les essais phénotypiques conventionnels. Une attention particulière a été portée aux putatifs facteurs de virulence (FV), aux gènes de résistance aux antibiotiques (AR) et aux gènes codant pour les enzymes responsables de métabolites nocifs (c'est-à-dire les amines biogènes, BA).

Cette souche probiotique était phénotypiquement résistante à la streptomycine et à la kanamycine, bien que l'analyse du génome suggère que les gènes liés à l'AR ne sont pas facilement transférables à d'autres bactéries et aucun autre gène présentant des risques potentiels pour la sécurité. En outre, aucun élément instable qui pourrait conduire à des réarrangements génomiques n'a été détecté. De plus, un flux de travail est proposé pour permettre l'identification taxonomique d'une souche microbienne et l'évaluation précise des caractéristiques génétiques liées au risque, en combinant l'analyse du séquençage complet du génome avec des outils bioinformatiques mis à jour et des tests phénotypiques standard. Le flux de travail présenté peut être généralisé comme ligne directrice pour l'étude de sécurité des nouvelles souches probiotiques afin d'aider les parties prenantes (des scientifiques aux fabricants et aux consommateurs) à satisfaire aux exigences réglementaires et à éviter les informations trompeuses.
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