Une pomme par jour: quelles bactéries mangeons-nous avec les pommes biologiques et conventionnelles?
Front. Microbiol., 24 July 2019 Birgit Wassermann
Les pommes sont parmi les fruits les plus consommés dans le monde. Ils représentent une source d'exposition humaine directe aux communautés bactériennes, moins étudiée. Nous avons analysé le microbiome de pomme afin de détecter les différences entre les tissus et l'impact de la gestion biologique et conventionnelle par une approche combinée de l'analyse d'amplicon de gène d'ARNr 16S et de la qPCR, ainsi que la visualisation par hybridation in situ en fluorescence et microscopie confocale à balayage laser (FISH-CLSM).
Chaque pomme contient différents tissus (tige, peau, pulpe de fruit, graines et calice), qui ont été colonisés par des communautés bactériennes distinctes. Fait intéressant, la pulpe et les graines de fruits étaient des points chauds bactériens, alors que la peau était moins colonisée. Au total, environ 10 8Le nombre de copies du gène bactérien de l'ARNr 16S a été déterminé dans chaque gramme de pomme.
Les pratiques de cultures n’ont pas influencé les abondances, mais nous avons constaté une forte réduction de la diversité bactérienne et de la régularité des pommes gérées de manière conventionnelle. En outre, malgré la structure similaire en général dominée par les protéobactéries (80%), les bactéroïdes (9%), les actinobactéries (5%) et les Firmicutes(3%), des déplacements importants de près de 40% des genres bactériens et des commandes ont été surveillés. Parmi eux, les signatures bactériennes connues pour leurs effets néfastes sur la santé se sont révélées plus abondantes dans les pommes traitées de manière conventionnelle. Nos résultats suggèrent que nous consommons environ 100 millions de cellules bactériennes avec une pomme. Bien que cette quantité soit la même, la composition bactérienne était significativement différente dans les pommes produites de manière conventionnelle et biologique.
