Meilleure rétention d'azote en modifiant son microbiote?

[Nutrimuscle-Conseils]

Desulfovibrio diazotrophicus sp. nov., a sulfate‐reducing bacterium from the human gut capable of nitrogen fixation
Lizbeth Sayavedra Environ Microbiology 19 April 2021

Sulfate‐reducing bacteria (SRB) are widespread in human guts, yet their expansion has been linked to colonic diseases. We report the isolation, sequencing and physiological characterization of strain QI0027T, a novel SRB species belonging to the class Desulfovibrionia. Metagenomic sequencing of stool samples from 45 Chinese individuals, and comparison with 1690 Desulfovibrionaceae metagenome‐assembled genomes recovered from humans of diverse geographic locations, revealed the presence of QI0027T in 22 further individuals. QI0027T encoded nitrogen fixation genes and based on the acetylene reduction assay, actively fixed nitrogen. Transcriptomics revealed that QI0027T overexpressed 42 genes in nitrogen‐limiting conditions compared to cultures supplemented with ammonia, including genes encoding nitrogenases, a urea uptake system and the urease complex. Reanalyses of 835 public stool metatranscriptomes showed that nitrogenase genes from Desulfovibrio bacteria were expressed in six samples suggesting that nitrogen fixation might be active in the gut environment. Although frequently thought of as a nutrient‐rich environment, nitrogen fixation can occur in the human gut. Animals are often nitrogen limited and have evolved diverse strategies to capture biologically active nitrogen, ranging from amino acid transporters to stable associations with beneficial microbes that provide fixed nitrogen. QI0027T is the first Desulfovibrio human isolate for which nitrogen fixation has been demonstrated, suggesting that some sulfate‐reducing bacteria could also play a role in the availability of nitrogen in the gut.

[Nutrimuscle-Diététique]

Traduction de l'étude

Desulfovibrio diazotrophicus sp. nov., une bactérie sulfato-réductrice de l'intestin humain capable de fixer l'azote
Lizbeth Sayavedra Environ Microbiology 19 avril 2021

Les bactéries réductrices de sulfates (SRB) sont répandues dans les intestins humains, mais leur expansion a été liée aux maladies du côlon. Nous rapportons l'isolement, le séquençage et la caractérisation physiologique de la souche QI0027T, une nouvelle espèce SRB appartenant à la classe Desulfovibrionia. Le séquençage métagénomique d'échantillons de selles provenant de 45 individus chinois et la comparaison avec 1690 génomes assemblés par des métagénomes de Desulfovibrionaceae récupérés chez des humains de divers emplacements géographiques ont révélé la présence de QI0027T chez 22 autres individus. QI0027T codait pour les gènes de fixation de l'azote et, sur la base du test de réduction de l'acétylène, fixait activement l'azote. La transcriptomique a révélé que QI0027T surexprimait 42 gènes dans des conditions limitant l'azote par rapport aux cultures complétées avec de l'ammoniac, y compris des gènes codant pour les nitrogénases, un système d'absorption d'urée et le complexe d'uréase. Des réanalyses de 835 métatranscriptomes de selles publiques ont montré que les gènes de la nitrogénase de la bactérie Desulfovibrio étaient exprimés dans six échantillons suggérant que la fixation de l'azote pourrait être active dans l'environnement intestinal. Bien que souvent considéré comme un environnement riche en nutriments, la fixation de l'azote peut se produire dans l'intestin humain. Les animaux sont souvent limités en azote et ont développé diverses stratégies pour capturer l'azote biologiquement actif, allant des transporteurs d'acides aminés à des associations stables avec des microbes bénéfiques qui fournissent de l'azote fixe. QI0027T est le premier isolat humain de Desulfovibrio pour lequel la fixation de l'azote a été démontrée, ce qui suggère que certaines bactéries sulfato-réductrices pourraient également jouer un rôle dans la disponibilité de l'azote dans l'intestin