Mycobiome: Rôle santé et maladie gastro-intestinales

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Le mycobiome: Rôle dans la santé et la maladie, et comme cible probiotique potentielle dans les maladies gastro-intestinales
Maladie digestive et hépatique Novembre 2017 Volume 49, Numéro 11, Pages 1171-1176 Christopher L. Hager

Le tractus gastro-intestinal (GI) humain abrite des milliards de micro-organismes, certains bénéfiques et d'autres potentiellement dangereux. Les progrès récents de la science nous ont permis d'identifier la multitude d'organismes qui habitent le tractus gastro-intestinal et d'analyser celles qui jouent un rôle dans la maladie inflammatoire de l'intestin (MII). Malheureusement, la plupart des recherches se sont concentrées sur l'étude des bactéries seulement, en négligeant un acteur clé, le champignon. Afin de résoudre ce problème, nous avons concentré nos efforts sur l'étude de la communauté fongique dans le tractus gastro-intestinal connue sous le nom de mycobiome. Nous avons constaté que les patients atteints de la maladie de Crohn (MC) ont tendance à avoir des taux beaucoup plus élevés de champignon Candida tropicalis que leurs membres de la famille en bonne santé, ainsi que deux bactéries, Escherichia coli et Serratia marcescens. De plus, nous avons montré que ces trois organismes travaillaient ensemble pour former des biofilms robustes capables d'exacerber l'inflammation intestinale.

Ici, nous discutons du rôle du mycobiome dans la santé et la maladie, et soulignons l'importance de maintenir l'équilibre du microbiote GI. De plus, en tenant compte des récentes données de séquençage de nouvelle génération, nous donnons un aperçu des nouvelles approches thérapeutiques potentielles dans le traitement des MICI par l'utilisation d'antifongiques et / ou de probiotiques visant à établir et maintenir un équilibre sain de la communauté microbienne totale incluant les champignons et bactéries.

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L'importance du mycobiome a été soulignée en 2010 dans la première étude de notre groupe décrivant la communauté fongique buccale utilisant le séquençage profond

Armés des nouvelles preuves suggérant que les champignons et les bactéries interagissent les uns avec les autres d'une manière qui pourrait potentiellement exacerber les symptômes inflammatoire.

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Un régime riche en graisses modifie les microbiomes fongiques et les relations interkérataires dans le tube digestif
Timothy Heisel

L'apport en graisses alimentaires et les changements dans la composition de la communauté bactérienne de l'intestin sont associés au développement de l'obésité. À ce jour, la caractérisation du microbiote chez les sujets maigres et obèses a été dominée par des études sur les bactéries intestinales. Les champignons, récemment montré pour affecter l'inflammation de l'intestin, ont reçu peu d'études pour leur rôle dans l'obésité. Nous avons cherché à déterminer les effets du régime riche en graisses sur les structures de la communauté fongique et bactérienne dans un modèle murin utilisant la région d'espaceur transcrit interne 2 (ITS2) de l'ADN ribosomique fongique (ADNr) et les gènes ARNr 16S des bactéries.

Les souris nourries avec un régime alimentaire riche en graisses avaient des quantités significativement différentes de 19 taxons bactériens et 6 fongiques que les souris nourries avec des aliments standard, avec un régime riche en graisses causant des variations similaires dans les structures microbiomiques fongiques et bactériennes. Nous avons observé des relations de coabundance spécifiques fortes et complexes entre les paires microbiennes intra et interdomaines et des réductions spectaculaires du nombre de corrélations de coabondance chez les souris nourries avec un régime riche en graisses par rapport à celles nourries avec des aliments standard. De plus, les modules fonctionnels du microbiome prévus liés au métabolisme étaient significativement moins abondants chez les souris nourries au régime riche en matières grasses que chez les souris nourries au régime standard. Ces résultats suggèrent un rôle pour les interactions entre les champignons et interkingdom dans l'association entre les microbiomes intestinaux et l'obésité.

IMPORTANCE Des recherches récentes montrent que les microbes intestinaux sont impliqués dans le développement de l'obésité, un problème de santé croissant dans les pays développés qui est lié à un risque accru de maladies cardiovasculaires. Cependant, les études montrant les liens entre les microbes et le métabolisme ont été limitées à l'analyse des bactéries et ont ignoré la contribution potentielle des champignons dans la santé métabolique. Cette étude fournit des preuves que l'ingestion d'un régime riche en graisses est associée à des modifications du microbiome fongique (et bactérien) dans un modèle murin. En outre, nous constatons qu'il existe des relations structurelles et fonctionnelles interdomaines entre les champignons et les bactéries dans l'intestin et que celles-ci sont perturbées par un régime riche en graisses.