Traduction de l'étude
Dynamique du microbiote intestinal dans une cohorte prospective de patients atteints du syndrome COVID-19 post-aigu
Qin Liu Gut 2022
Contexte Les complications à long terme après COVID-19 sont courantes, mais la cause potentielle des symptômes persistants après la clairance virale reste incertaine.
Objectif Étudier si la composition du microbiome intestinal est liée au syndrome COVID-19 post-aigu (PACS), défini comme au moins un symptôme persistant 4 semaines après l'élimination du virus SARS-CoV-2.
Méthodes Nous avons mené une étude prospective sur 106 patients présentant un spectre de gravité du COVID-19 suivis de l'admission à 6 mois et 68 témoins non COVID-19. Nous avons analysé le microbiome fécal en série de 258 échantillons à l'aide d'un séquençage métagénomique shotgun et corrélé les résultats avec des symptômes persistants à 6 mois.
Résultats A 6 mois, 76% des patients avaient un PACS et les symptômes les plus fréquents étaient la fatigue, une mauvaise mémoire et la perte de cheveux. La composition du microbiote intestinal à l'admission était associée à la survenue d'un PACS. Les patients sans PACS ont montré un profil de microbiome intestinal récupéré à 6 mois comparable à celui des témoins non COVID-19. Le microbiome intestinal des patients atteints de PACS était caractérisé par des niveaux plus élevés de Ruminococcus gnavus, Bacteroides vulgatus et des niveaux inférieurs de Faecalibacterium prausnitzii. Les symptômes respiratoires persistants étaient corrélés avec des pathogènes intestinaux opportunistes, et les symptômes neuropsychiatriques et la fatigue étaient corrélés avec des pathogènes intestinaux nosocomiaux, y compris Clostridium innocuum et Actinomyces naeslundii (tous p<0,05). Les bactéries productrices de butyrate,
y compris Bifidobacterium pseudocatenulatum et Faecalibacterium prausnitzii, ont montré les plus grandes corrélations inverses avec le PACS à 6 mois.Conclusion Ces résultats ont fourni des preuves observationnelles d'altérations de la composition du microbiome intestinal chez les patients présentant des complications à long terme du COVID-19. D'autres études devraient déterminer si la modulation du microbiote peut faciliter la récupération rapide du syndrome COVID-19 post-aigu.
Importance de cette étude
Que sait-on déjà à ce sujet ?
Des symptômes persistants après la période de convalescence chez des patients atteints de COVID-19 ont été signalés.
De nouvelles preuves soutiennent le rôle potentiel de la dysbiose intestinale dans la gravité de l'infection au COVID-19.
L'impact à long terme du SRAS-CoV-2 sur le microbiome intestinal après l'infection aiguë et la question de savoir si la composition du microbiote intestinal affecte le risque de symptômes persistants chez les patients récupérés présentant une gravité différente de l'infection au COVID-19 sont inconnus.
Quelles sont les nouvelles découvertes ?
Nos résultats montrent que le profil du microbiome intestinal d'un individu peut affecter sa sensibilité aux complications à long terme du COVID-19.
Le modèle de microbiome intestinal reflète différents symptômes chez les patients atteints du syndrome COVID-19 post-aigu (PACS).
La composition distincte du microbiote intestinal à l'admission est associée à la survenue d'un PACS à 6 mois.
Quel impact cela pourrait-il avoir sur la pratique clinique dans un avenir prévisible ?
Ces résultats fournissent de nouvelles informations sur l'association complexe entre le microbiome intestinal et les séquelles à long terme après une infection au COVID-19.
Le profilage basé sur le microbiome pourrait être utilisé comme outil de stratification précoce du risque d'apparition du syndrome COVID-19 post-aigu.
Dans cette étude, nous avons identifié une forte corrélation négative entre l'abondance de plusieurs espèces bactériennes bénéfiques et le développement du PACS à 6 mois. La perte de plusieurs symbiotes, dont les genres Bifidobacteria, Roseburia et Faecalibacteria connus pour avoir des fonctions immunomodulatrices, a été particulièrement associée à des symptômes persistants chez les patients guéris atteints de COVID-19. Les deux dernières bactéries sont des producteurs importants d'acides gras à chaîne courte et des acteurs majeurs du maintien de l'homéostasie immunitaire. Il a été démontré que ces acides gras modifient la chimiotaxie et la phagocytose, induisent des espèces réactives de l'oxygène, modifient la prolifération et la fonction cellulaires et ont des effets antimicrobiens et anti-inflammatoires. Bien que l'association observée soit encourageante, la puissance de cette étude pourrait être limitée par des facteurs non reconnus qui ne sont pas liés au COVID-19 mais qui peuvent affecter le microbiome bactérien, y compris le milieu hôte, l'alimentation, les modes de vie, les médicaments (bien que tous les sujets ne prenaient aucun antibiotique dans la période de suivi, et il n'y avait pas de différences dans leurs comorbidités) et le biais possible des réponses subjectives des patients au questionnaire. Comme les patients n'avaient pas de mesures virales répétées après leur sortie, nous n'avons pas été en mesure de déterminer la durée de l'activité virale chez ceux avec et sans PACS. D'autres études sont nécessaires pour comprendre si et comment la modulation du microbiote pourrait réduire le fardeau du PACS. Des études intégrant des données alimentaires, sérologiques et immunologiques pour élucider davantage les mécanismes des symptômes persistants après une infection aiguë au COVID-19 seront nécessaires.
